पेट में प्रोटीन का पाचन पेप्सिन एंजाइम से शुरू होता है। यह पेट का सक्रिय प्रोटीन-पाचक एंजाइम है। जब पेप्सिन प्रोटीन अणु पर कार्य करता है तो वह पेप्टाइड बांड को तोड़ता है जो प्रोटीन अणु को जोड़कर रखते हैं। इन बांड के टूटने से अमीनो एसिड की श्रृंखलाएं बनती हैं जिन्हें पॉलीपेप्टाइड कहा जाता है। इनका आगे पाचन छोटी आंत में ट्रिप्सिन, काइमोट्रिप्सिन और कार्बोक्सीपेप्टिडेज एंजाइम की सहायता से होता है।
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